Euskotren dispone de una Política Ambiental que establece el marco de referencia del despliegue de la visión estratégica ambiental, con el objetivo de preservar la calidad de vida actual y futura de la ciudadanía garantizando un entorno de aire, agua y suelos limpios y saludables, a través de la gestión responsable de los recursos naturales y gestionando adecuadamente los residuos generados. De este modo, se pretende limitar la influencia en el cambio climático, facilitando la protección de la biodiversidad y la funcionalidad de los sistemas ecológicos.

En 2021, Euskotren incurrió en un gasto medioambiental del orden de 966.925 euros (939.246 en 2020), comprendiendo gastos tanto en relación a la prevención y reducción del daño sobre el medio ambiente generado por su actividad, así como todos aquellos derivados de los compromisos ambientales adquiridos voluntariamente por la organización.

Euskotren ha incorporado a su patriominio diversos elementos y medidas destinadas tanto al ahorro y uso eficiente de recursos a través de la implantación de medidas de eficiencia energética como la modernización de los sistemas de iluminación y las mejoras en el túnel de lavado de sus instalaciones de Zumaia, así como el fomento de energías renovables con la adquisición de una furgoneta eléctrica.

Igualmente, se han incorporado equipos para el almacenamiento de productos y la detección automática de fugas, así como medidas para la prevención y reciclaje de residuos, con el objeto de contribuir a la protección y mejora del entorno en el desarrollo de la actividad de la organización.

También se adjudicó la compra de dos autobuses de tecnología híbirida, así como otros dos autobuses y dos minibuses eléctricos, junto con otros cuatro autobuses que cumplen la norma Euro VI sobre emisiones para vehículos, potenciando la sustitución de los combustibles derivados del petróleo, orientadas a evitar o, en su caso, reducir la emisión de gases efecto invernadero y de ciertos contaminantes a la atmósfera, favoreciendo la calidad del aire local.

Adicionalmente, se ha dado de alta la última unidad de tranvía de la Serie 600. Las unidades de esta serie incorporan mejoras técnicas destinadas a la eficiencia energética, un sistema de alumbrado regulable en función de la luminosidad externa y un sistema de paso automático a "modo noche" en períodos en los que no se utilizan las unidades, con el fin de controlar y reducir dicho consumo y las emisiones de gases efecto invernadero.

El gasto ambiental definido en Euskotren agrupa diversas actividades encaminadas a la protección y mejora del medio ambiente: tratamiento y gestión de los residuos; control de los parámetros de las aguas de vertido; gestión ambiental; auditoriía ambiental; mantenimiento de equipos (equipos e instalaciones con implicación ambiental); y medidas para la prevención de la contaminación (planes de autoprotección y medidas para la prevención de fugas y derrames).

En el programa de inversiones de 2021 se incluyó la implantación de medidas de eficiencia energética en las instalaciones de Ibaiondo (Vitoria-Gasteiz). Las obras de Ibaiondo se realizaron en el mes de diciembre de 2021, finalizando en enero de 2022.

Por otra parte, el Plan de Gestión Ambiental Euskotren 2021-2024 desarrolla la planificación de la actividad ambiental para dicho período. Este nuevo plan se centra en los retos de gestión energética, economía circular y gestión ambiental con la consecución de un único objetivo estratégico de "progreso hacia el desarrollo de la actividad baja en cargono y eficiente en el uso de recursos".

El despliegue en la gestión ambiental se lleva a cabo con el enfoque de mejora continua de acuerdo a los criterios establecidos en la norma UNE-EN-ISO 14001:2015 de Sistemas de Gestión Ambiental, implantado en la organización y certificado en la actividad de transporte de personas usuarias en ferrocarril, tranvía y autobús de las instalaciones de Lutxana, Leioa, Zumaia, cocheras de Elgoibar, Atxuri y Vitoria-Gasteiz.